Jn 3,1 - Zákonník Nikodém bol členom veľrady a príslušníkom strany farizejov. Dobrý človek, ale ešte bojazlivý a dbajúci na svetské ohľady.
Jn 3,3-8 - Tento text má zrejme na mysli sviatosť krstu. V krste dostávame Ducha Svätého, princíp nadprirodzeného, Božieho života. Krstom sa teda človek znovuzrodí.
Jn 3,8 - V gréckom (i hebrejskom) jazyku ten istý výraz "pnéuma" znamená aj vietor, aj Ducha.
Jn 3,10 - V Starom zákone je reč o znovuzrodení z Ducha: Iz 44, 3; 59, 21; Ez 11, 19; 36, 26; Zach 12, 10; Joel 2, 28 a iné.
Jn 3,14 - Mojžišov medený had bol predobrazom ukrižovaného Krista - Nm 21, 8 n.
Jn 3,18 - "V meno" je semitizmus; meno predstavuje osobu.
Jn 3,22 - Ježiš (vlastne jeho učeníci - porov. 4, 2) krstil pri dolnom toku Jordánu, Ján Krstiteľ pri jeho strednom toku, neďaleko Beisanu, asi 20 km južne od Genezaretského jazera. Krst Ježišových učeníkov bol ešte ten istý, aký bol Jánov. Krst "v Duchu" bude až po vzkriesení a oslávení Krista.
Jn 3,29 - Sväté písmo častejšie opisuje láskyplný vzťah medzi Bohom a ľuďmi ako lásku snúbencov - manželov: Iz 54, 4-6; 62, 5; Jer 2, 2; 3, 1-5; Ez 16; Oz 2, 2-20; celá Pieseň piesní. Ježiš je snúbenec, ženích, ktorý sa zasnubuje s Cirkvou (Mt 9, 15; 22, 1 n.; 25, 1 n.; Ef 5, 22; 2 Kor 11, 2; Zjv 19, 7; 21, 2). Ján Krstiteľ je len jeho družbom a teší sa z jeho šťastia a lásky. Tak skromne označil svoju úlohu ako predchodca Mesiáša.
Jn 3,31-36 - Tieto verše sa zdajú byť úvahou samého evanjelistu. V skutočnosti sú to však skôr slová Pána Ježiša, ktoré povedal pri inej príležitosti a Ján ich sem pridal.
